清洗鍵合硅膠反相色譜柱時(shí)，有時(shí)使用有機(jī)溶劑是不能去除色譜柱上的污染物的。如果金屬離子被硅膠吸附或與鍵合，這種情況就特別明顯了。這時(shí)，可以使用螯合試劑如0.05M的乙二胺四乙酸（EDTA）來(lái)沖洗色譜柱。EDTA會(huì)同許多金屬形成絡(luò)合物，并把他們進(jìn)行溶解。在使用過(guò)了EDTA后，你可以用水*沖洗色譜柱。如果樣品基體含有一些離子性的化合物，可以改變pH值使其變成非離子狀態(tài)，然后用水—有機(jī)溶劑混合溶劑進(jìn)行沖洗。
　　
　　為了控制緩沖體系和色譜柱中殘留緩沖液中的細(xì)菌生長(zhǎng)，色譜工作者可以使用一些家用的漂白劑稀釋到1：10或1：20，用50個(gè)柱體積過(guò)柱，接著再用50個(gè)柱體積的液相色譜級(jí)的水進(jìn)行沖洗。不能讓漂白劑流經(jīng)檢測(cè)器，因?yàn)樗鼤?huì)破壞流通池。為了防止溶劑瓶中的細(xì)菌生長(zhǎng)，應(yīng)該當(dāng)天配制足夠使用的緩沖液，并將不用的緩沖液存放在冰箱中，并加入0.1%的*，不允許在沒(méi)有流速的情況下使緩沖液長(zhǎng)時(shí)間駐留在色譜柱中。
　　
　　色譜工作者往往會(huì)討論使用離子對(duì)試劑之后對(duì)色譜固定相柱產(chǎn)生的影響。一些離子對(duì)試劑如辛磺酸（用于陽(yáng)離子）和四丁基溴化銨（用于陰離子）在含有某些有機(jī)改性劑的條件下會(huì)強(qiáng)烈地吸附在鍵合硅相的表面。色譜柱受到了污染不可能再生到他們的初始狀態(tài)，這只能說(shuō)用于離子對(duì)色譜的色譜柱需要為這門技術(shù)而獻(xiàn)身，而且永遠(yuǎn)無(wú)法再用于常規(guī)的反相液相色譜。
　　
　　反相液相色譜柱會(huì)由于一些含強(qiáng)保留成分的樣品基體的反復(fù)進(jìn)樣而造成污染，尤其是一些分子量高的、親水性比較強(qiáng)的化合物、如蛋白質(zhì)這樣的生物流動(dòng)性組成和一些會(huì)吸附在硅醇基上的強(qiáng)堿性物質(zhì)。另外，某些流動(dòng)相添加試劑如離子對(duì)試劑和表面活性劑會(huì)吸附在填料表面并改變其性質(zhì)。被污染的色譜柱會(huì)產(chǎn)生糟糕的峰形、假的可重復(fù)的保留性、高的反壓力和基線干擾。通常一些能夠破壞污染物與色譜柱鍵合或硅膠表面反應(yīng)的有機(jī)溶劑和試劑可以用來(lái)清洗色譜柱。
　　
　　色譜工作者需要小心謹(jǐn)慎，因?yàn)檫@些試劑本身有很強(qiáng)的破壞作用，使用時(shí)會(huì)造成固定相本身的損壞。此外，通過(guò)使用樣品的前處理過(guò)程，盡可能少地接觸到污染物的樣品，來(lái)防止色譜柱受污染是一個(gè)很好的步驟。在所有的應(yīng)用中，強(qiáng)烈推薦使用保護(hù)柱來(lái)防止色譜柱的污染并對(duì)分析柱可能造成的傷害。