對在水溶液中形成陰離子的化合物，陰離子交換色譜是有效的分離方法。但其穩定性不及反相,隨著進樣次數的增加其保留特性會逐漸發生變化，并且在色譜柱的整個壽命周期中，這種變化較大。

    在離子交換色譜中，存在著3種電離平衡，分別是樣品組分的電離平衡、流動相中緩沖溶液的電離平衡、柱上離子交換基團的電離平衡。色譜柱保留行為的變化、流動相組成的調整會綜合影響到上述的電離平衡，這種影響較為復雜，并不是一致的。如提高流動相的pH值會促進流動相的電離，增加洗脫強度，減小樣品組分的保留；同時pH值的增加又會促進樣品的電離，增加樣品組分的保留，還會抑制色譜柱上硅烷銨鹽的電離，減小樣品組分的保留。樣品組分在柱上的保留時間取決于上述3種電離平衡的綜合作用。

 

    在色譜柱的不同使用階段使用者可能需要對色譜條件如流動相等作出調整來達到相似的保留性質，即使是相同的被分析物、相同的色譜柱。對陰離子交換色譜可以通過調節緩沖溶液的濃度和流動相pH來調節流動相的洗脫強度。